19 сентября 2013 года Алексей Ширков назначен на должность руководителя Ярославского УФАС России.
Кандидатура Алексея Ширкова прошла согласование с Губернатором Ярославской области и полпредом Президента Российской Федерации в Центральном федеральном округе.