ФАС России 24 апреля 2012 года возбудила дело в отношении Министерства сельского хозяйства Российской Федерации по признакам нарушения части 1 статьи 15 Федерального закона «О защите конкуренции».
По мнению ФАС России, признаки нарушения антимонопольного законодательства выразились в выдаче рекомендации федеральным государственным учреждениям, подведомственным Департаменту мелиорации Минсельхоза России ,заключить гражданско-правовые договоры с Федеральным государственным учреждением «Управление по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению «Плодородие» для осуществления функций специализированной организации по размещению государственного заказа в сфере проведения работ по мелиорации. Это зафиксировано в пункте 2.10 Протокола совещания с руководителями ФГУ, подведомственных Департаменту мелиорации Минсельхоза России в Московском государственном университете природообустройства.
ФАС России