По результатам состоявшегося конкурса в Евразийской экономической комиссии Анна Мирочиненко назначена Директором департамента антимонопольного регулирования, который является структурным подразделением единого постоянно действующего регулирующего органа Таможенного союза и Единого экономического пространства Республики Беларусь, Республики Казахстан и Российской Федерации - Евразийской экономической комиссии (ЕЭК).
В ФАС России А. Мирочиненко работала с апреля 1999 года, координируя работу ведомства по вопросам обеспечения соблюдения антимонопольного законодательства при осуществлении регулирования внешнеторговой деятельности, а также сотрудничества ФАС России с государствами-участниками СНГ. С момента образования ФАС России является членом Рабочей группы Подкомиссии по таможенно-тарифному и нетарифному регулированию, защитным мерам во внешней торговле Правительственной комиссии по экономическому развитию и интеграции.
С 2003 года Мирочиненко входит в состав рабочих органов трех государств, отвечающих за разработку договорно-правовой базы Таможенного союза и Единого экономического пространства.