Приказом ФАС России Евгений Костюшин назначен на должность руководителя Управления Федеральной антимонопольной службы по Республике Крым и городу Севастополю.
В антимонопольных органах работает с 2007 г. С сентября 2007 г. по июль 2010 г. занимал должность заместителя руководителя Татарстанского УФАС России, с июля 2010 г. по сентябрь 2013 г. – руководителя Марийского УФАС России. С декабря 2017 г. исполнял обязанности руководителя Управления Федеральной антимонопольной службы по Республике Крым и городу Севастополю.